Rregullorja e Këshillit (KE) Nr. 1085/2006 ishte një bazë për krijimin e Instrumentit për Ndihmën e Para Aderimit (IPA), për vendet kandidate për anëtarësim në BE, dhe vendet kandidate potenciale.

Për këtë me Vendimin e Qeverisë së Republikës së Maqedonisë të datës 31 korrik 2007, në kuadër të Entit Shtetëror të Auditimit u themelua Autoriteti i Auditimit për fondet paraaderuese të Bashkimit Evropian në Republikën e Maqedonisë së Veriut (RMV).

Në nëntor të vitit 2007 me ndryshimin e Ligjit për revizionin shtetëror (“Gazeta zyrtare e RM-së” nr. 133/2007) kompetencat dhe mandati i Autoritetit të Auditimit janë rregulluar dhe harmonizuar, me Marrëveshjen Kornizë ndërmjet Republikës së Maqedonisë dhe Komisionit të Komuniteteve Evropiane, mbi rregullat e bashkëpunimit në lidhje me ndihmën financiare të KE-së, për Republikën e Maqedonisë, në kuadër të zbatimit të ndihmës në kuadër të Instrumentit për Ndihmën e Para Aderimit (Marrëveshja kornizë) dhe Marrëveshja sektoriale ndërmjet Qeverisë së Republikës së Maqedonisë dhe Komisionit të Komuniteteve Evropiane për rregullat mbi bashkëpunimin në lidhje me ndihmën financiare të KE-së, për Republikën e Maqedonisë dhe zbatimin e ndihmës, sipas komponentit V (IPARD) të Instrumentit për Ndihmë Para Aderimit (Marrëveshja sektoriale).

Autoriteti i Auditimit, në kuadër të Entit Shtetëror të Auditimit (ESSH), ka funksionuar në mënyrë të pavarur nga pjesët organizative të ESHA-së, në periudhën nga viti 2007 deri në vitin 2011, dhe bashkëpunimi me Entin Shtetëror të Auditimit është realizuar sipas Memorandumit të bashkëpunimit të nënshkruar në gusht të vitit 2007.

Në mars 2008 Komisioni Evropian miratoi Projektin “Ndihmë Teknike për Ngritjen e Kapaciteteve për Autoritetin e Auditimit”. Projekti është implementuar në periudhën Prill 2008 - Mars 2009 nga Kompania Crown Agents – Mbretëria e Bashkuar. Objektivi global i projektit ishte ofrimi i asistencës teknike për Autoritetin e Auditimit në ngritjen dhe forcimin e kapaciteteve të tij në përputhje me kërkesat e rregulloreve të IPA-s.

Republikës së Maqedonisë i është dhënë e drejta, për të menaxhuar fondet e ndihmës së para aderimit në mënyrë të decentralizuar në vitin 2009 dhe 2010 të financuara nga BE-ja, nga programi IPA 2012.

Në periudhën 2007-2010 Autoriteti i Auditimit ka forcuar kapacitetet e tij duke punësuar 18 persona dhe 5 persona të caktuar nga Enti Shtetëror i Auditimit.

Pas rekomandimeve të Komisionit Evropian për sigurimin e pavarësisë funksionale të Autoritetit të Auditimit, në maj të vitit 2010 u miratua një ligj i veçantë për auditimin e Instrumentit të Ndihmës Para Aderimit (IPA), (“Gazeta Zyrtare” e RM nr. 66/2010), i cili rregullon lëndën e auditimit, organizimin dhe kompetencat e Autoritetit të Auditimit, dhe mënyrën e kryerjes së auditimit të instrumentit për ndihmë para aderimit në RM.

Në qershor të vitit 2011, Autoriteti i Auditimit të Instrumentit për Ndihmë Para Aderimit, në Republikën e Maqedonisë është regjistruar në Regjistrin Qendror të Republikës së Maqedonisë si person juridik i pavarur.

Pas themelimit të Autoritetit të Auditimit, si person juridik individual, të 28 punonjësit u transferuan nga Enti Shtetëror i Auditimit në subjektin e ri juridik - Autoriteti i Auditimit për auditimin e Instrumentit të Ndihmës së Para Aderimit, duke siguruar kështu vazhdimësinë e auditimit të IPA-s.

Në periudhën qershor 2013 - korrik 2014, projekti për ndihmë teknike për Autoritetin e Auditimit është zbatuar nga ekspertë të angazhuar nga DFC, Spanjë, financuar nga BE-ja.

Në periudhën maj 2016 - shtator 2017, është realizuar kontrata e binjakëzimit (Twining), për zhvillimin dhe forcimin e mëtejshëm të kapaciteteve organizative, administrative dhe teknike të Autoritetit të Auditimit me partnerë nga shtetet anëtare - Shërbimi Qendror i Auditimit të Ministrisë së Financave të Holandës, dhe Autoriteti i Auditimit i Republikës së Kroacisë, financuar nga BE-ja në kuadër të programit IPA 2012.

Mandati dhe kompetencat e Autoritetit të Auditimit, konsistojnë në kryerjen e një auditimi të programeve të financuara nga BE-ja nën menaxhim indirekt nga struktura administrative IPA, e krijuar në institucionet nacionale.

Qëllimi i auditimeve, është nxjerrja e raporteve dhe opinioneve për programe mbi besueshmërinë e raporteve financiare vjetore, ose pasqyrave/llogarive vjetore, dhe për ligjshmërinë dhe rregullsinë e shpenzimeve dhe funksionimin e sistemit të menaxhimit dhe kontrollit, në lidhje me zbatimin e ndihmës së para aderimit të Bashkimit Evropian në Republikën e Maqedonisë së Veriut, nën menaxhim indirekt me dhe pa kontroll ex-ante (paraprak) nga Komisioni Evropian.

Raportet vjetore të aktivitetit të auditimit dhe opinionet vjetore, për programe dorëzohen nga Autoriteti i Auditimit në Drejtorinë e Përgjithshme të KE-së, dhe Qeverinë së RMV-së.

Autoriteti i Auditimit kryen auditimin e IPA-s, në përputhje me standardet e auditimit të pranuara ndërkombëtarisht të INTOSAI (ISSAI), dhe Udhëzimet nga Drejtoritë e Përgjithshme përkatëse të KE-së.

Sipas ligjit, auditimi i veprimtarisë së Autoritetit të Auditimit, kryhet nga një shoqëri auditimi, Komisioni Evropian dhe Gjykata Evropiane e Audituesve. Raporti i auditimit të kryer nga shoqëria e auditimit i dorëzohet Qeverisë së RMV-së më së voni deri më 30 qershor të vitit aktual.