Rregullorja e Këshillit (KE) Nr. 1085/2006 ishte një bazë për krijimin e Instrumentit për Asistencën e Para-Aderimit (IPA) për vendet kandidate dhe kandidate potenciale për anëtarësim në BE.

Për këtë me Vendimin e Qeverisë së Republikës së Maqedonisë të datës 31 korrik 2007, në kuadër të Entit Shtetëror të Auditimit u themelua Autoriteti i Auditimit për fondet paraaderuese të Bashkimit Evropian në Republikën e Maqedonisë së Veriut (RNM).

Në nëntor të vitit 2007 me ndryshimin e Ligjit për revizionin shtetëror (“Gazeta zyrtare e RM” nr. 133/2007) kompetencat dhe mandati i Autoritetit të Auditimit janë rregulluar dhe harmonizuar me Marrëveshjen Kornizë ndërmjet Republikës së Maqedonisë dhe Komisionit. të Komuniteteve Evropiane për rregullat për bashkëpunim në lidhje me ndihmën financiare të KE-së për Republikën e Maqedonisë në kuadër të zbatimit të ndihmës në kuadër të instrumentit për ndihmën e para-anëtarësimit (Marrëveshja kornizë) dhe Marrëveshja sektoriale ndërmjet Qeverisë së Republika e Maqedonisë dhe Komisioni i Komuniteteve Evropiane për rregullat për bashkëpunim në lidhje me ndihmën financiare të KE-së për Republikën e Maqedonisë dhe zbatimin e asistencës sipas komponentit V (IPARD) të instrumentit për asistencë para anëtarësimit (Sektorial Marrëveshja).

Autoriteti i Auditimit në kuadër të Entit Shtetëror të Auditimit (ESSH) ka funksionuar në mënyrë të pavarur nga pjesët organizative të ZSHR-së në periudhën nga viti 2007 deri në vitin 2011, dhe bashkëpunimi me Entin Shtetëror të Auditimit është realizuar sipas Memorandumit të Mirëkuptimit të nënshkruar në gusht të vitit 2007.

Në mars 2008 Komisioni Evropian miratoi Projektin “Asistencë Teknike për Ngritjen e Kapaciteteve për Autoritetin e Auditimit”. Projekti është implementuar në periudhën Prill 2008 - Mars 2009 nga Kompania Crown Agents – Mbretëria e Bashkuar. Objektivi global i projektit ishte ofrimi i asistencës teknike për Autoritetin e Auditimit në ngritjen dhe forcimin e kapaciteteve të tij në përputhje me kërkesat e rregulloreve të IPA-s.

Republika e Maqedonisë i është dhënë e drejta për të menaxhuar fondet e ndihmës para-anëtarësuese në mënyrë të decentralizuar në vitin 2009 dhe 2010.

Në periudhën 2007-2010 Autoriteti i Auditimit ka forcuar kapacitetet e tij duke punësuar 18 persona dhe 5 persona të caktuar nga Enti Shtetëror i Auditimit.

Pas rekomandimeve të Komisionit Evropian për sigurimin e pavarësisë funksionale të Autoritetit të Auditimit, në maj të vitit 2010 u miratua një ligj i veçantë për auditimin e instrumentit për asistencën para anëtarësimit (IPA), (“Gazeta Zyrtare” e RM nr. 66/2010). i cili rregullon lëndën e auditimit, organizimin dhe kompetencat e Autoritetit të Auditimit dhe mënyrën e kryerjes së auditimit të instrumentit për asistencë para anëtarësimit në RM.

Në qershor të vitit 2011, Autoriteti revizion për revizionin e instrumentit për ndihmë para-anëtarësuese në Republikën e Maqedonisë është regjistruar në Regjistrin Qendror të Republikës së Maqedonisë si person juridik i pavarur.

Pas themelimit të Autoritetit të Auditimit si person juridik individual, të 28 punonjësit u transferuan nga Enti Shtetëror i Auditimit në subjektin e ri juridik - Autoriteti i Auditimit për auditimin e instrumentit për asistencën e para-anëtarësimit, duke siguruar kështu vazhdimësinë e auditimit të IPA-s.

Në periudhën qershor 2013 - korrik 2014 projekti për asistencë teknike për Autoritetin e Auditimit është zbatuar nga ekspertë të angazhuar nga DFC, Spanjë. Projekti u financua nga BE

Në periudhën maj 2016 - shtator 2017 është realizuar kontrata e binjakëzimit për zhvillimin dhe forcimin e mëtejshëm të kapaciteteve organizative, administrative dhe teknike të Autoritetit të Auditimit me partnerë nga shtetet anëtare - Shërbimi Qendror i Auditimit të Ministrisë së Financave të Holandës dhe Autoriteti i Auditimit i Republikës së Kroacisë, financuar nga BE-ja në kuadër të programit IPA 2012.

Mandati dhe kompetencat e Autoritetit të Auditimit konsistojnë në kryerjen e një auditimi të programeve të financuara nga BE-ja nën menaxhim indirekt nga struktura administrative IPA e krijuar në institucionet kombëtare.

Qëllimi i auditimeve është nxjerrja e raporteve dhe opinioneve për programe mbi besueshmërinë e raporteve financiare vjetore ose pasqyrave/llogarive vjetore dhe për ligjshmërinë dhe rregullsinë e shpenzimeve dhe funksionimin e sistemit të menaxhimit dhe kontrollit në lidhje me zbatimin e para- Ndihma për anëtarësim të Bashkimit Evropian në Republikën e Maqedonisë së Veriut nën menaxhim indirekt me dhe pa kontroll ex-ante nga Komisioni Evropian.

Raportet vjetore të aktivitetit të auditimit dhe opinionet vjetore për programe dorëzohen nga Autoriteti i Auditimit pranë Drejtorive të Përgjithshme të KE-së dhe Qeverisë së RNM-së.

Autoriteti i Auditimit kryen auditimin e IPA-s në përputhje me standardet e auditimit të pranuara ndërkombëtarisht të INTOSAI (ISSAI) dhe Udhëzimet nga Drejtoritë e Përgjithshme përkatëse të KE-së.

Sipas ligjit, auditimi i veprimtarisë së Autoritetit të Auditimit kryhet nga një shoqëri auditimi, Komisioni Evropian dhe Gjykata Evropiane e Audituesve. Raporti i auditimit të kryer nga shoqëria e auditimit i dorëzohet Qeverisë së RNM-së më së voni deri më 30 qershor të vitit aktual.